La tradizione di insegnamenti umanisti a Pisa è molto antica. È probabile che già intorno all’800 esistesse a Pisa, accanto al Vescovado, una scuola di lettere fondata dal Papa Eugenio II.
Nel 796, il Diacono Pietro da Pisa, autore di due importanti trattati grammaticali, fu anche maestro a Pavia e insegnò grammatica all’imperatore Carlo Magno.
Alla metà del 1100, operò a Pisa il celebre grecista Ugo Eteriano, autore di più libri, uno dei quali dedicato nel 1172 al clero pisano; proprio in quel periodo, si suppone anche che esistesse a Pisa una Scuola di greco o di dottrine sacre.
In quel periodo un Pisano risulta anche tra gli storici di notevole importanza, Bernardo Maragone, autore dell’opera Annales, che fu portata avanti alla sua morte dal figlio Salem.
Verso la fine del XIII secolo, si ricordano come professori di grammatica Puccio di Bonastrenna e Ugolino.
Dopo varie vicissitudini, lo Studio di Pisa ebbe assicurata regolare e legittima vita dalla bolla In supremae dignitatis di Papa Clemente VI, il 3 settembre del 1343.
Dal 1355 insegnò a Pisa Francesco da Buti, autore del primo commento a Dante, ma dal periodo anteriore alla conquista fiorentina del 1406 fino alla riforma napoleonica gli studi umanistici non costituivano una facoltà a sé: quelli filosofici erano compresi nella Facoltà di Medicina mentre quelli letterari erano concepiti come supporto culturale di base comune alle tre facoltà riconosciute (Diritto Civile e Canonico, Teologia, Filosofia e Medicina). Tuttavia anche gli insegnamenti umanistici conobbero una fase di prestigio fin dal XVI secolo; già nel Cinquecento divenne regolare l’insegnamento del greco e furono impartiti insegnamenti di ebraico, arabo e siriaco. Con la Riforma napoleonica e la Restaurazione granducale la Filosofia e la Filologia divennero facoltà a sé.
Dopo l’Unità d’Italia, la Facoltà di “Filosofia e Lettere” conobbe una nuova fioritura grazie a filologi, storici e filosofi illustri. Fu in seguito alla Riforma dell’Università attuata da Giovanni Gentile nel 1923 che la facoltà prese il nome di Lettere e Filosofia e conobbe altri maestri di primo piano come il linguista Clemente Merlo, il filologo Augusto Mancini, gli storici Evaristo Breccia a Delio Cantimori, a cui, nel dopoguerra seguirono Luigi Russo per la critica letteraria, Silvio Ferri e Paolo Enrico Arias per l’archeologia, Silvio Pellegrini per la filologia romanza, Giovanni Amoretti per la germanistica.
A partire dal 19 settembre 2012, in seguito del riordino imposto dal decreto Gelmini, la Facoltà di Lettere e Filosofia è stata disattivata e i docenti e i corsi di studio relativi sono confluiti parte nel Dipartimento di Civiltà e Forme del Sapere e parte in quello di Filologia, Letteratura e Linguistica.